Ο αρχαιολογικός χώρος της Ζάκρου βρίσκεται 500 μ. από τον παράλιο οικισμό της Κάτω Ζάκρου, που απέχει 9 χλμ. από το χωριό Πάνω Ζάκρος και 45 χλμ. από τη Σητεία.
Πρώτες ανασκαφές στο χώρο έγιναν στα τέλη του περασμένου αιώνα από τους Ιταλούς αρχαιολόγους Halbherr και Mariani. Συστηματικές ανασκαφές όμως έγιναν αργότερα από τον Άγγλο P. Gogarth, διευθυντή της αγγλικής αρχαιολογικής σχολής των Αθηνών, που αποκάλυψε τμήμα της αρχαίας πόλης, δηλ. δώδεκα σπίτια της υστερομινωικής περιόδου που έκρυβαν αξιόλογους θησαυρούς. Η τυχαία ανεύρεση χρυσών νομισμάτων και ενός ξίφους δίνουν την αφορμή στην αρχαιολογική σκαπάνη να αρχίσει πάλι το έργο της. Ο έφορος αρχαιοτήτων Ν. Πλάτων, γνώστης και μελετητής του μινωικού πολιτισμού αρχίζει το ανασκαφικό του έργο, που γνωρίζει λαμπρή επιτυχία. Αποκαλύπτεται ένα νέο μινωικό ανάκτορο, το τέταρτο στην Κρήτη, μετά το ανάκτορο της Κνωσού, της Φαιστού και των Μαλλίων, που αν και μικρότερο έδωσε περισσότερα από 10.000 αντικείμενα εξαιρετικής τέχνης, πολλά από τα οποία χαρακτηρίζονται ως «βασιλικά». Τα ευρήματα αυτά εκτίθενται σήμερα σε ειδικά διαμορφωμένη αίθουσα του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου.

Η συνολική έκταση του ανακτόρου ξεπερνά τα 8.000 τ.μ. και απλώνεται γύρω από μία κεντρική αυλή, όπως συμβαίνει με τα άλλα γνωστά ανακτορικά κέντρα της Κρήτης. Αν και το ανάκτορο παρουσιάζει πολλές ομοιότητες με τα άλλα μεγάλα ανάκτορα της Κρήτης έχει και τις δικές του ιδιομορφίες, που βοηθούν στην πληρέστερη μελέτη της μινωικής αρχιτεκτονικής. Υπάρχουν επίσης στοιχεία για τον τρόπο ζωής των ηγεμόνων καθώς και τις σχέσεις της Ανατολικής Κρήτης με την Αίγυπτο και την Μέση Ανατολή. Τα στοιχεία πείθουν ότι η Ζάκρος υπήρξε ένα από τα μεγαλύτερα κέντρα διαμετακομιστικού εμπορίου της Κρήτης και ένας σταθμός πλοίων που ταξίδευαν στην Αφρική.
Η ξυλεία των κέδρων, το λάδι και το κρασί αποτελούσαν βασικά προϊόντα εξαγωγής προς την Αίγυπτο και άλλες χώρες. Από αυτές τις χώρες εισάγονταν ελεφαντόδοντο, χρυσός, πολύτιμες και ημιπολύτιμες πέτρες, που επεξεργάζονταν οι τεχνίτες των ανακτόρων.
Η βιοτεχνία εδώ βρισκόταν σε ιδιαίτερη ανάπτυξη, λόγω της φτωχής ορεινής ενδοχώρας, που δεν επέτρεπε την ανάπτυξη γεωργίας.
Το ανάκτορο χτίστηκε γύρω στα 1600 π.Χ. και καταστράφηκε το 1450 π.Χ. από την έκρηξη του ηφαιστείου της Σαντορίνης. Μετά την ξαφνική και ολοκληρωτική καταστροφή δεν ξανακτίζεται άλλο ανάκτορο στη θέση του. Το ανάκτορο, σκεπασμένο από κομμάτια λάβας και ελαφρόπετρας, παρέμεινε ασύλητο και παρέδωσε απλόχερα τους θησαυρούς του στο κτύπημα της αρχαιολογικής σκαπάνης.
Στα γύρω υψώματα στον Τραόσταλο και το φαράγγι των Νεκρών ανακαλύφθηκαν ταφές προϊστορικής εποχής.